Эта территория имеет высокую орнитологическую ценность для сохранения биоразнообразия и населения водоплавающих птиц в зимний период.
В Краснодарском крае с 2003г. ежегодно проходит международная перепись птиц водно-болотных угодий. международная перепись водных птиц проводится в Европе с 1967г.
Координируется международной организацией Wetlands International . Результаты учетов со всей Европы направляются в штаб-квартиру в городе Вагенинген (Нидерланды). Здесь ведется база данных по зимовкам водоплавающих птиц и птиц околоводных пространств, оценивается глобальное состояние популяций каждого вида птиц лимнофилов.
Сотрудники заповедника «Утриш» совместно с Российским отделением Wetlands International с 2013г проводят учеты птиц лиманов, плавневой зоны, водохранилищ, морских участков, рек, озер Краснодарского края. Учеты проводились методом абсолютного перечета на постоянных учетных площадях.
По результатам учетов в январе 2021 г. в Краснодарском крае насчитывается более 1,5 млн. ос. Более 50 видов включая около 10 видов хищных птиц.
По мнению Солоха А. В. - заместителя директора по научной работе Национального парка «Лосиный остров» : «в общемировом масштабе Краснодарский край имеет особое глобальное значение для сохранения ресурсов водоплавающих птиц, играет решающую роль в сохранении видов птиц-лимнофилов (водоплавающих и околоводных) в масштабах всей Европы».
Значение заповедника «Утриш» в сохранение биологического разнообразия - 2% от общей численности учтенных птиц по Краснодарскому краю. В среднем на территории заповедника концентрируется от 2 до 7% особей от общей численности птиц Краснодарского края, включая редкие и исчезающие виды, занесенные в Красные книги Краснодарского края и Российской Федерации.
В 2021г у берегов заповедника концентрировалось около 25 тысяч особей. Скопления большой поганки (чомги) насчитывали более 20 тыс. ос., хохотуньи (степной чайки) – около 3 тыс. ос. Встречены черношейная поганка, большой баклан, лысуха, кряква, озерная чайка.
Акватория Черного моря заповедника служит местом зимовки большинства видов водоплавающих птиц, встречающихся на территории Национального парка «Лосиный остров» в периоды гнездования и миграций. Орнитологи национального парка уже второй год подряд принимают участие в мониторинге.
В учете приняли участие: Солоха А. В. - зам. Директора по научной работе Национального парка «Лосиный остров», Лохман Ю. В. - директор Краевого научно-исследовательского центра «Дикая природа Кавказа», ГБУ КК «Краснодаркрайохота», сотрудники заповедника «Утриш» - Рыбченко А. А. , Быхалова О. Н.